目前，对离子液体中阴离子对其毒性的影响尚没有统一标准。张瑾通过利用30种离子液体(离子液体的阴离子不同)对青海弧菌Q67做毒性效应实验，结果显示，不同阴离子对离子液体毒性影响很小。阴离子对离子液体毒性效应的影响是由于阴离子的水解而产生的:如具有BF阴离子基团的离子液体毒性是由于该离子液体液体水解产生的F。该研究中亦发现离子液体的阴离子基团对毒性影响虽稍有差异，但不显著。袁静、刘树深”以96孔微板为试验载体,测定了具有不同烷基链长度和阴离子基团的离子液体对蛋白核小球藻(Chlore1la pyrenoidosa)的96h生长抑制毒性。结果表明，10种离子液体都具有典型的s型浓度-效应曲线，均可用非线性Weibu11函数进行拟合，效应拟合值与实验值之间的相关系数均大于0.96,均方根误差均在0.1以下，拟合统计性良好。4种咪唑四氟硼酸盐类和4种氯化咪唑盐类离子液体分别对藻的毒性具有烷基链效应,而改变阴离子对离子液体毒性的影响不大。
